В книге А.А. Тунгусова «Мой Верхнетоемский район» дана такая информация о первых школах района: «Первые школы в Верхнетоемском районе появились в 1842 году. Они были открыты удельным ведомством при Верхнетоемском Троицком погосте и в селе Вознесенское. Земское училище было открыто в 1861 году в деревне Ларионовская при Сефтренской Преображенской церкви».

В другом источнике говорится: «Сефтренское земское училище открыто в 1889 году. Находится в Верхнетоемской волости в приходе Верхнетоемской Троицкой церкви в деревне Сефтре в 20 верстах от Волостного правления и церкви. В 1904 году училось 55 мальчиков и 20 девочек».

Наряду с земскими училищами действовали и церковно-приходские школы. Согласно «Отчёту о состоянии церковно-приходских школ по Сольвычегодскому уезду за 1911-1912 учебный год» значились Ларионовская и Сефтренская церковно-приходские школы.

В 1927 году образовалась Нозянская начальная школа. С 1939 по 1942 год Сефтренская школа находилась в деревне Ларионовская (Ноза) Сефтренского сельсовета. Школа была семилетней. В ней учились дети из Монастырька, Сефтры, Удинцы, Нозы, Чащевицы, 2 ученика из Сойги. Школа располагалась в отдельном здании. В нём было 2 больших класса, учительская и коридор. Заведующей школы была Фефилатьева Анна Арсеньевна, она работала в Нозе с 1939-1940 гг. 

Затем директором школы стал Павел Григорьевич Хорошаев. Работал также Ипатов Николай Дмитриевич (его отец был председателем колхоза в Монастырьке). Николай Дмитриевич преподавал в школе 1 год, потом ушёл добровольцем на фронт, был танкистом, погиб. Вместе с ним работал Чупров Василий Ильич из Нижней Тоймы, который тоже был призван на фронт.

Учителями в Сефтренской школе были Фефилатьев Аркадий Арсентьевич, Фефилатьева Мария Михайловна, Скрипова Нина Алексеевна, Старцева Марфа Ивановна, Воробьёва Нина Бонифатьевна, Шайтанова Валентина Ивановна, Дебривкер Полина Петровна и другие. Затем семилетнюю школу перевели в деревню Сефтра, в деревне Ларионовская осталась четырёхлетняя школа.

Сефтренская семилетняя школа с 1942 года размещалась в двухэтажном доме раскулаченного Уродкова Андрея Васильевича в деревне Ермолинская (Горный Двор) Сефтренского сельсовета. До переезда 7-летней школы из Нозы в этом доме была начальная школа. Её директором снова был назначен Павел Григорьевич Хорошаев, которого с 1 апреля 1946 года сменила Дубова Лидия Александровна.

При школе была столовая, где учеников кормили супом, сваренным из мяса и овощей, заработанных в колхозе. Чашки, ложки и кусочек хлеба дети носили из дома. Ученики активно занимались спортом на турнике, который располагался около школы.

В 1949-1950 годах на географической карте появился лесозаготовительный поселок Зеленник. В 1951-1952 школа из деревни Сефтра была переведена в поселок Зеленник, где размещалась в нескольких домах барачного типа. В Сефтре осталась только начальная школа.

В 1951 году на высоком берегу реки Северная Двина началось строительство отдельного школьного здания. Здесь рос сплошной лес. В 1956 году Сефтренская семилетняя школа приняла первых учеников. Это было одно из первых специально построенных зданий школ района: двухэтажное здание, с большими светлыми окнами, оно стало украшением поселка.

24 декабря 1958 года в Союзе Советских Социалистических Республик было введено обязательное восьмилетнее образование. В 1959 году Сефтренская семилетка реорганизована в Сефтренскую 8-летнюю школу. В школе было печное отопление. Поэтому весь коллектив: педагоги, технический персонал, ученики – занимались заготовкой, распиловкой и укладкой дров.

В материалах инспекторской проверки отдела образования, которая была проведена в октябре 1957 года, мы читаем: «Здание школы новое, внутри оштукатурено, покрашено, имеет хорошие светлые классы, просторные коридоры, но нет физкультурного зала и кухни, что отражается на работе школы. В школе имеются 2 кабинета физики и биологии, отведена классная комната для мастерской. При школе имеется учебно-опытный участок, которым заведует Шмонина В.Р. Все классы оформлены, имеются уголки школьника, регулярно выпускаются сатирические газеты, в каждом классе имеются живые цветы. Для родителей в школе выпускается газета «Голос школы». Активно работает родительский комитет. Хорошо организована в школе художественная самодеятельность. Работают кружки: хоровой, физкультурный, умелые руки, литературный и юннатский. В школе имеется пионерская организация, которая насчитывает 96 пионеров. Пионерская комната размещена в конце коридора».

Был также интернат, в котором проживало 8 человек. В 1957 году на уроках труда под руководством учителя Фефилатьева А.А. учащиеся изготовляли клетки для содержания кроликов. Кролики сначала жили в специально построенном сарае, а затем на первом этаже школы. Учащиеся школы ухаживали за ними: кормили их, чистили клетки, заготовляли корм. При школе была даже лошадь. Технический персонал школы заготовлял для неё сено на лесных участках.

В 1959 году было построено отдельное здание мастерской. Долгое время учителем трудового обучения работал Максимов Николай Иванович.

В 50-е годы в школе появилась пионерская организация. В неё принимали не только учащихся старших классов, но и учащихся 3-го класса начальной школы. Этот приём состоял из двух этапов:

1 этап. В день рождения В.И. Ленина (22 апреля) – лучших по учёбе и по поведению (наиболее достойных).

2 этап. 19 мая – в день рождения пионерской организации – остальных учащихся, имеющих хорошее поведение и успевающих на оценку «3».

Вступление в пионеры проводилось торжественно на собрании пионерской дружины нашей школы, которая носила имя Геннадия Ивановича Катарина. Пионерская жизнь была очень бурной. Чтобы стать пионером, учили законы юных пионеров, клятву (торжественное обещание пионера). Перед вступлением в ряды Всесоюзной пионерской организации имени В.И. Ленина давали на сборе дружины (в зале) торжественное обещание:

«Я, (имя вступавшего), вступая в ряды Всесоюзной пионерской организации имени В.И. Ленина, перед лицом своих товарищей торжественно обещаю:

1. Горячо любить свою Родину.

2. Знать и всегда выполнять законы юных пионеров.

3. Жить, учиться и бороться, как завещал великий Ленин, как учит коммунистическая партия Советского Союза».

Затем только что вступившим пионерам повязывали красные галстуки, отдавали пионерский салют.

Весь совет дружины избирался, а также назначался председатель этого совета. Всей работой руководил пионервожатый.

Классы, имеющие пионеров, подразделялись на определённые пионерские отряды, каждый из которых боролся за присвоение имени и звания Героя Великой Отечественной войны.

Отряд имел собственный девиз, речёвку и песню. Также он делился на звенья, в которых выбирались звеньевые. Пионеры раз в месяц проводили отрядные сборы. А каждую четверть – отчёты и итоги о проделанной работе в минувшей четверти.

Всей пионерской жизнью управляла поселковая комсомольская организация, а руководил работой комитет комсомола. Работа проводилась разнообразная, которая планировалась заранее. Само вступление в комсомол происходило в Верхней Тойме. И чтобы вступить в комсомол, необходимо было ехать в районный центр.

Также в посёлке был отряд «Юный дзержинец». Он за короткое время завоевал популярность и авторитет у учащихся школы. Это был отряд, который следил за порядком как в школе, так и в самом посёлке. Организовывал работу участковый инспектор Белоногов Н.Г. В основном комсомольцы и пионеры жили очень сплочённо, и это помогало им решать школьные проблемы, а также поднимать престиж школы.

С 1966 года началась реорганизация 8-летних школ в средние. В посёлок Зеленник стало приезжать много народу. В 1967 году рабочими стройучастка сделана пристройка к основному зданию.

В летний период учителя, технический персонал, родители, учащиеся выпускных классов проводили внутреннюю отделку здания. Часто устраивали субботники и воскресники.

«Мы – 9, 10 классы – приходили конопатить стены, убирать мусор, красить полы. Очень ответственно относились к строительству пристройки и спортивного зала родители. Помню, мои отец и мать ходили из деревни Монастырёк (за 7 км от посёлка) даже вдвоём, чтобы отработать на стройке», – так вспоминает выпускница школы 1969 года Сопилова Галина. Скоро обновлённая школа приняла своих воспитанников.

В 1972 году построено здание автокласса с кабинетом машиноведения. Здесь ученики школы изучали с/х машины и получали права тракториста.

За работу на строительстве школы выпускники были премированы путёвкой в Москву. Они очень гордились этим. Повидать столицу нашей Родины хотелось многим – увидели её активисты. Это было здорово!

Большой вклад в строительство внесли Чечуевы Валентин Владимирович и Манефа Михайловна, Фефилатьев Аркадий Арсеньевич, Уродкова Валентина Александровна, Шкрябин Геннадий Фёдорович.

Новый спортивный зал был огромной радостью для десятиклассников. Учил детей физкультуре Валентин Владимирович Чечуев. В школе часто устраивали волейбольные и баскетбольные соревнования, играли юноши против девушек.

В 1968 году появилась Сефтренская средняя школа, в которой обучалось 570 учеников, из них в начальной школе – 170. В оформлении школы много помогал Тымков Пётр Иванович.

На основании решения исполкома райсовета № 359 от 17 ноября 1978 года Сефтренская средняя школа переименована в Зеленниковскую среднюю школу.

В 1980 году был проведён капитальный ремонт основного здания, а также построена школьная котельная, в которой установлено 2 котла «Универсал».

Из воспоминаний А.Н. Вороновой, работавшей председателем исполкома Сефтренского сельсовета в то время: «В 1976 году составлена смета по ремонту школы Уродковым Геннадием Васильевичем. Смета была дорогостоящая, и за ремонт школы никто не брался. Во время своего отпуска 10 мая 1979 года, находясь в городе Москве, я встречалась с министром лесной промышленности Тимофеевым Николаем Ивановичем по вопросу капитального ремонта школы или строительства новой школы в посёлке Зеленник. По его указанию старое здание школы было обследовано комиссией, состоящей из представителей Министерства лесной промышленности, Архлеспрома, Котласлесстроя, которая сделала заключение о неправильной эксплуатации здания. Затем принимается решение о проведении капитального ремонта, выделяются деньги. За ремонт взялось Котласское стройуправление (директор Боровой Лин Григорьевич). В Зеленнике строительным участком руководил Копытов Василий Андреевич. Был проведён ремонт в некоторых классах, убраны печки, сделано водяное отопление. В школе стало тепло. За эту работу я была награждена грамотой Облоно за лучшую подготовку школы к новому учебному году».

В 1997 году был снова проведён ремонт школы, произведено соединение крыши основного здания и пристройки, замена полов в спортзале, в 2-х нижних классах пристройки, в одном из классов частично заменены стены.

22 апреля 1999 года Зеленниковская средняя школа переименована в муниципальную Зеленниковскую среднюю общеобразовательную школу на основании Постановления Главы администрации МО «Верхнетоемский район» № 2/13 от 22.04.1999. 

12 июля 2000 года в результате визита в наш район губернатора области А.А. Ефремова было принято решение о строительстве новой школы в посёлке Зеленник на 200 учащихся.

Начались работы по созданию проекта школы, геологические изыскания. С 2003 года начато строительство панельного двухэтажного здания школы силами ОАО ПСО «Автомагистраль». Руководил работой Е.М. Кириенко. Строительство шло долго, мешали труднодоступность посёлка, недостаток финансирования. Из общей суммы, потраченной на строительство, а это порядка 80 миллионов рублей, район выделил лишь незначительную часть, школа построена на деньги из бюджета области.

Итогом стало торжественное разрезание ленточки на входе в новое здание 1 сентября 2008 года. Вместе с директором Шумиловой Н.В. эту честь доверили Н.Н. Синцову как руководителю предприятия, которое осуществило строительство. Из его рук школа получила свой ключ, который хранится в кабинете директора. Вместе с учащимися в новую школу перешла душа старой, как импровизированно изобразили на церемонии открытия школы, вместе с радостью, успехами, знаниями, дружбой и многим другим, что сопутствует кораблю знаний. 

В 2001 году МДОУ д/с «Калинка» было реорганизовано путём присоединения к муниципальной Зеленниковской средней общеобразовательной школе (приказ № 537 от 19 октября 2001 г. по отделу образования администрации МО «Верхнетоемский район), детский сад в июне 2023 года в связи с отсутствием контингента дошкольного возраста был закрыт.

В 2010 году муниципальная «Зеленниковская средняя общеобразовательная школа была переименована в муниципальное бюджетное образовательное учреждение муниципального образования «Верхнетоемский муниципальный район» «Зеленниковская средняя общеобразовательная школа» (распоряжение № 15/22р от 30 декабря 2010 г. о переименовании муниципальных учреждений муниципального образования «Верхнетоемский муниципальный район», утверждении перечня муниципальных бюджетных учреждений муниципального образования «Верхнетоемский муниципальный район»).

20.12.2011 года распоряжением Управления образования администрации муниципального образования «Верхнетоемский муниципальный район» школа была переименована в муниципальное бюджетное образовательное учреждение муниципального образования «Верхнетоемский муниципальный район» «Зеленниковская средняя общеобразовательная школа». 

10.01.2022 года в связи с преобразованием района в округ распоряжением администрации Верхнетоемского муниципального округа №19/2р школа переименована в муниципальное бюджетное образовательное учреждение Верхнетоемского муниципального округа «Зеленниковская средняя общеобразовательная школа».