До революции 1917 года в городе Шенкурске существовало высшее начальное училище (ВНУ) для мальчиков. Оно располагалось в голубом деревянном здании. По всей вероятности, это и было началом истории нашей школы.

С приходом интервентов в город в 1918 году училище прекратило своё существование. После освобождения Шенкурска от врагов встал вопрос об открытии новой советской школы.

Школа была открыта в январе 1920 года. Во главе её встала Клементьева Зоя Михайловна.

В 20-30-е годы учебный процесс несколько раз перестраивался. Из школы второй ступени она постепенно превращалась в среднюю.

В 1937 году был сделан первый выпуск 10 класса.

Многие выпускники довоенных и военных лет стали участниками Великой Отечественной войны. По неполным данным, из 138 человек, ушедших на фронт, погибло 47 человек, в том числе 5 учителей во главе с директором школы Глазачевым Григорием Алексеевичем.

С середины 50-ых годов началась новая перестройка школы. Она становится единой 11-летней политехнической, трудовой. Старшеклассникам стали давать профессии, нужные району (механизаторы, шофёры, электромонтёры, трактористы; девушек обучали на полеводов, птичниц, телятниц). Были образованы педагогические классы (учителя начальных классов и воспитатели детских садов).

В 70-е годы вновь вернулись к десятилетке.

В 1976 году было закончено строительство первого в районе типового каменного школьного здания на 640 мест (до этого времени классы располагались в деревянном голубом здании и здании по ул. Ленина, где сейчас находится музыкальная школа). Одновременно со школой шло строительство школьной котельной. До начала строительства учителя и ученики провели несколько субботников, чтобы подготовить строительную площадку.

29 декабря 1976 года был первым днем занятий в новом здании школы. Стоимость основного здания составила более 1 млн. рублей.

Вскоре началось строительство пришкольного интерната, и оно было закончено в 1980 году. В это же время велась работа по сооружению отопления в голубое здание, спортзал и гараж. Также в эти годы был построен учительский дом, оборудован спортивный стадион; около школы был большой учебно-опытный участок.

В 70-е годы в школе стали очень популярны походы, традиционными стали и туристические слеты. Они собирали много старшеклассников. Программа турслетов была очень разнообразна и интересна. Проходили соревнования по спортивному ориентированию, туристическая эстафета, конкурсы туристической песни, обедов, боевых листков, бивуаков. Организатором турслетов был учитель физики Цыкарев В.П.

Помимо среднего образования выпускники школы получали права шофера, изучали поварское дело. Ежегодно летом учащиеся школы работали в производственной бригаде: пропалывали капусту, турнепс. Старшеклассники жили и работали в лагере труда и отдыха "Юность" в колхозе им. Ленина.

В 1990 году был снова сделан выпуск 11-классников.

В 1995 году к основному зданию была сделана пристройка с 13 кабинетами, библиотекой, большим спортзалом, музеем.

В 1996 году произошло объединение двух городских школ (средней и неполной средней школ).

В 1996/1997 учебном году в Шенкурской средней муниципальной школе обучалось 837 учащихся, было 32 класса, работало 60 педагогов, общая численность трудового коллектива составила 92 человека.

За время своего существования (более 120 лет) школа дала путёвку в жизнь сотням учеников. Шесть выпускников выполняли интернациональный долг в Афганистане, около 30 выпускников были в Чечне.

За период с 1920 по 2012 год сменилось 22 директора. Больше всех (15 лет) на этой должности проработала Сафонова Валентина Михайловна (1965-1980 годы).

С декабря 2012 года школа становится Муниципальным бюджетным образовательным учреждением "Шенкурская средняя общеобразовательная школа", с августа 2015 года – Муниципальным бюджетным общеобразовательным учреждением "Шенкурская средняя школа".

Директора Шенкурской школы

Клементьева Зоя Михайловна (1920-1926)

Бабкин Николай Николаевич (1927-1929)

Кузнецов Федор Михайлович (1929-1933)

Мякотин Сергей Владимирович (1933-1935)

Петракова Степанида Васильевна (1935-1937)

Ильин Сергей Федорович (1937-1939)

Попов Дмитрий Васильевич (1939-1941)

Глазачев Гурий Александрович (1941-1942)

Добринская Зинаида Николаевна (1942-1943)

Пышкин Сергей Васильевич (1944)

Демичева Анна Александровна (1944-1945)

Сковородкин Николай Александрович (1945-1954)

Чаусов Анатолий Афанасьевич (1954-1962)

Аспедников Алексей Николаевич (1962-1965)

Сафонова Валентина Михайловна (1965-1980)

Цыкарев Валерий Павлович (1980-1982)

Чухина Ольга Андреевна (1982-1988)

Ширяев Николай Генрихович (1988-1995)

Анфимов Алексей Михайлович (1995-1998)

Кудрявцева Ирина Леонидовна (1998-2002)

Кучин Николай Викторинович (2002-2007)

Гробова Елена Николаевна (2007-2011)

Варенцова Надежда Владимировна (с 2011 г.)

В МБОУ «Шенкурская СШ» на сегодняшний день около 700 обучающихся и 80 работников (в т.ч. 50 педагогических работников).