Восьмилетняя школа № 2 была открыта в 1938 году в городе Молотовске. Это было первое типовое школьное здание на улице Профсоюзной. По этому адресу школа работала до 1976 года.

Приказом по Молотовскому гороно № 115 от 08.08.1944 школа стала мужской, полный курс обучения составлял 7 лет (до 1953 года).

В 1978 году школа стала полной средней общеобразовательной, в 1978-1979 учебном году работала во вторую смену в здании школы № 27 (ул. Арктическая).

С 1979 года средняя школа № 2 работает в новом здании на улице Трухинова, дом 10.

В середине 80-х годов ХХ века школа № 2 была одной из самых больших в области: здесь обучалось около 2500 ребят. В 1986-1987 учебном году на параллели вторых классов был класс второй «П».

В 2023-2024 учебном году в школе 1001 обучающийся.

В разные годы школу возглавляли директора:

В разное время в школе работали и продолжают работать учителя, удостоенные звания «Заслуженный учитель Российской Федерации»: Агельярова Тамара Петровна, учитель математики, «Отличник народного просвещения»; Кобозева Людмила Михайловна, учитель начальных классов, «Отличник народного просвещения»; Мельник Наталья Ивановна, учитель математики; Монастырских Ангелина Васильевна, учитель географии, «Отличник народного просвещения»; Полякова Ирина Федоровна, учитель начальных классов; Пугина Нина Николаевна, учитель начальных классов; Смирнова Людмила Степановна, учитель русского языка и литературы, «Отличник народного просвещения»; Тюхтина Людмила Александровна, учитель начальных классов, трудового обучения, «Отличник народного просвещения»; Федорова Ольга Ивановна, учитель русского языка и литературы, «Отличник народного просвещения»; Юшманов Павел Яковлевич, учитель физики, «Отличник народного просвещения».

Почти 30 учителей имеют нагрудные знаки «Отличник народного просвещения» и «Почетный работник общего образования Российской Федерации».

В 1954 году был заложен яблоневый сад у здания второй школы на улице Профсоюзной. Долгое время он был достопримечательностью старой части города. 30 мая 2007 года яблоневые саженцы были высажены и у здания школы на улице Трухинова. Они цветут и плодоносят. А яблоневый сад стал визитной карточкой школы.

Пионерская дружина школы носила имя А.П. Гайдара (присвоено решением бюро ГК ВЛКСМ 14 марта 1955 года). Пионерская вожатая Логинова Г.И. была награждена орденом Трудового Красного Знамени. В 80-е годы ХХ века пионерская дружина носила имя юнги Северного флота Александра Ковалева (решение бюро ГК ВЛКСМ от 24 декабря 1984 года).

С 1992 года более 20 лет в школе работал фольклорный коллектив «Веночек», неоднократный победитель городских конкурсов. Его руководитель Васендина Елена Сергеевна, учитель музыки, является автором слов и музыки школьного гимна.

В 2015 году официально утверждена эмблема школы, автор – Загорная Елена Алексеевна, учитель изобразительного искусства. 

В 1990 году в школе созданы первые специализированные классы (с углубленным изучением ряда предметов: физический, гуманитарный, химико-биологический). 

В 1993 году в школе открыты учебно-производственные мастерские.

В 2001 году открыт и паспортизирован музей истории школы (руководитель Дряхлицына Марина Николаевна), который работает по настоящее время.

В 2007 году в школе создан школьный военно-спортивный клуб «Патриот», который в 2016 году стал юнармейским. В Зале Воинской Славы открыты мемориальные доски, посвященные памяти выпускников, погибших в горячих точках: Константина Козлова и Дмитрия Капиноса, есть Парта Героя.

Большое внимание администрация и педагогический коллектив школы уделяли и уделяют инновационной деятельности.

В школе в 90-е годы ХХ века работала экспериментальная площадка «Реализация принципов развивающего обучения» под руководством И.Ф. Поляковой, в то время завуча школы, позднее – доцента кафедры педагогики Гуманитарного института САФУ им. М.В. Ломоносова. Творческая группа «Национально-региональный компонент образования и воспитания в начальной школе» выпустила сборник материалов для чтения о Русском Севере «Морянка», позднее был подготовлен УМК «Морянка» по краеведению. 

С 2001 года школа является пунктом проведения ЕГЭ, бессменным руководителем которого является Мельник Наталья Ивановна. 

В 2004-2005 учебном году школа участвует в муниципальном эксперименте по введению предпрофильной подготовки в 9-х классах.

В 2006-2008 годах школа стала областной экспериментальной площадкой по организации профильного обучения на основе индивидуальных учебных планов обучающихся. Начиная с 2009 года, в 10-11 классах школа организует профильное обучение по ИУП в штатном режиме. 

В 2008 году школа № 2 стала победителем во Всероссийском конкурсе общеобразовательных учреждений, внедряющих инновационные образовательные программы в рамках реализации национального проекта «Образование».

С 2010 года школа № 2 – областная пилотная площадка по введению ФГОС начального общего образования, с 2011 года – областная площадка по введению ФГОС основного общего образования. Введение ФГОС в начальной школе завершено в 2014 году, в основной школе – в 2017 году.

А в 2018 году проведена кропотливая работа, собраны уникальные исторические факты истории школы, воспоминания педагогов, выпускников и выпущена книга «Пусть яблони по-прежнему цветут», посвящённая 80-летию школы.

В 2018, 2019, 2020 годах школа вошла в региональный рейтинг ОО «ТОП-29» – школ Архангельской области, демонстрирующих стабильную динамику улучшения образовательных результатов.