Школа № 21 распахнула свои двери 2 сентября 1968 года. С основания школой руководили 4 директора.

Сапегина Клавдия Григорьевна – директор школы с 1968 по 1974 год; участник Великой Отечественной войны; кавалер ордена Октябрьской революции, «Отличник народного просвещения». Под руководством Клавдии Григорьевны в эти годы формируются школьные традиции, закладывается основа приоритетов.

С 1969 по 1990 год старшеклассники помогали в уборке урожая капусты, картофеля, турнепса в Конецдворье и в совхозе «Заостровский»; работали на стройках, молокозаводе, в овощехранилище города Северодвинска.

В 1970 году школа № 21 первой в области организовала лагерь труда и отдыха на Севере и взяла шефство над средней школой села Пежма Вельского района. В этом же году школе присвоено звание «Школа образцового состояния». В течение нескольких лет коллективу присуждалось переходящее Красное знамя ГОРОНО и Горкома союза учителей.

1972 год – опыт организации и работы лагеря труда и отдыха нашей школы был представлен на Всероссийском совещании в городе Кемерово.

В этом году школа стала участницей ВДНХ в Москве. Из 15 учителей, чьи работы были представлены на выставке, два педагога получили звание «Отличник народного образования СССР», пятеро награждены грамотами министра образования СССР.

1973 год – пионерской дружине школы было присвоено имя Героя Советского Союза Валерия Павловича Чкалова.

В 1976 году наша школа была награждена переходящим Красным знаменем ВЛКСМ за лучшую организацию пятой трудовой четверти.

С 1974 по 1994 год школу возглавила Хиневич Ида Васильевна, «Отличник народного просвещения». И снова школа не отстаёт от темпов развития страны и образования.

30 декабря 1977 года открывается школьный театр «Автограф», которым руководила выпускница Архангельского культурно-просветительного училища Татьяна Павловна Герловина (Мигдалович). На спектаклях «Автографа» выросло не одно поколение северодвинцев.

В это время территория школы и школьные теплицы – лучшие в городе.

В 1977 году школа награждается медалью Всероссийского общества охраны природы.

С 1994 по 2010 год школой руководила Мироновская Вера Владимировна, «Заслуженный учитель РФ». Школа в эти годы – современное образовательное учреждение.

В 1996 году впервые в Архангельской области в условиях массовой школы началось обучение детей с нарушением слуха.

Одна из главных задач, которую успешно решала Вера Владимировна, – укрепление материально-технической базы школы; создание благоприятных условий для повышения педагогического мастерства учителей. Благодаря этому с 2005 года стало возможным профильное обучение в старших классах.

19 мая 2006 года в школе торжественно открылся музей истории школы. Первым руководителем музея стала учитель русского языка и литературы Тимошинова Анна Владимировна, «Отличник народного просвещения».

Под руководством Мироновской В.В. в 2007 году школа стала победителем приоритетного национального проекта «Образование» – конкурса на лучшую школу, внедряющую инновационные образовательные технологии.

10 февраля 2010 года состоялось торжественное открытие Зала боевой и трудовой славы.

С 2010 года по настоящее время директор школы – Кульшина Наталья Викторовна, «Почетный работник общего образования РФ». И сегодня школа не сбавляет темпов развития.

С 2014 года школа – ресурсный центр по инклюзивному образованию.

В 2015 году школе официально присвоено имя Героя Советского Союза Александра Дмитриевича Юдина. Работают военно-патриотический клуб «Тайфун», спортивный клуб «Триумф», отряд ЮИД, юнармейский отряд. Школа сотрудничает с общественной организацией «Народный фронт».

В 2019 году в школе открыта мемориальная доска выпускнику школы Алексею Чернышову, погибшему в Чечне.

2021 год – торжественное открытие экспозиции в Зале боевой и трудовой славы «Они не пропали без вести. Хранители памяти», которую помогли создать поисковые отряды.

В 2020 году МАОУ «СОШ № 21» заняла 3 место в муниципальном конкурсе по благоустройству территорий образовательных организаций, подведомственных Управлению образования Администрации Северодвинска. В рамках проекта появляется детская площадка.

В 2022 году школа награждена дипломом 2 степени в муниципальном конкурсе по благоустройству территорий ОО. Благодаря этому осенью 2023 года была открыта беговая легкоатлетическая дорожка.

Памятным событием стало открытие 3 марта 2023 года «Парты Героя» в честь выпускника школы, погибшего в Чечне, Алексея Николаевича Чернышова.

3 марта 2023 года в школе была открыта первичная ячейка Российского движения детей и молодежи. В ряды «Движения Первых» вступило 6 обучающихся.

В октябре 2023 года школа заняла 3 место в Х Всероссийском конкурсе «Лучшая инклюзивная школа – 2023».