Учреждение было создано 01.09.1939 году как Соловецкая неполная средняя школа.

С 03.11.1944 года переименована в Соловецкую среднюю школу.

В 1984 г. переименована в Соловецкую среднюю школу Архангельской области.

С 01.01.1992 г. Соловецкая школа Решением исполнительного комитета Соловецкого районного Совета народных депутатов от 14.11.1991 г. за №17/10 передана в собственность Соловецкого района и получила статус муниципальной.

C 1993 г. «Соловецкая средняя школа» Архангельской области была переименована в «Соловецкую муниципальную среднюю (полную) школу».

C 1 сентября 1999 г. «Соловецкая муниципальная средняя (полная) школа» реорганизована в форме присоединения муниципального дошкольного учреждения «Соловецкий ясли-сад» и переименована в муниципальное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» (распоряжение Главы администрации МО «Соловецкий район» от 30.08.1999 г. № 90).

Муниципальное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» реорганизовано в Государственное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» в 2000 году и передано в собственность департамента образования и науки администрации Архангельской области (постановление главы администрации за №10 от 26.01.2000 г., свидетельство о государственной регистрации юридического лица от 26.01.2000 г. серия Б № 9/99).

Распоряжением главы администрации Архангельской области от 31.12.2004 г. № 1475 Государственное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» передано в собственность муниципального образования «Соловецкий район».

Распоряжением главы администрации муниципального образования «Соловецкий район» от 28.12.2005 за № 14/4 МОУ «Соловецкая СОШ» было передано в собственность муниципального образования «Приморский муниципальный район» и переименовано в муниципальное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» (свидетельство Межрайонной ИФНС России №7 по Архангельской области и НАО о внесении записи в ЕГРЮЛ от 29.03.2005 серия 29 №001049809).

Муниципальное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» переименовано в Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» (свидетельство Межрайонной ИФНС России №9 по Архангельской области и НАО о внесении записи в ЕГРЮЛ от 28.12.2011 серия 29 №001992942).

Муниципальное бюджетное образовательное учреждение «Соловецкая средняя общеобразовательная школа» переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Соловецкая средняя школа» (свидетельство Межрайонной ИФНС России № 9 по Архангельской области и НАО о внесении записи в ЕГРЮЛ от 25.12.2015 серия 29 №002144311).

Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Соловецкая средняя школа» переименовано в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Соловецкая средняя школа имени Соловецких юнг ВМФ» (Постановление администрации муниципального образования «Приморский муниципальный район» от 05.05.2023 № 926).

Начало образования на Соловках относится к XIX веку, когда «усердием» настоятеля монастыря архимандрита Порфирия было открыто Монастырское училище для крестьянских детей-трудников, которых родители по обету отдавали на некоторое время для трудов при обители. Иные родители надеялись, что дети их получат знакомство с истинами веры, правилами нравственности и обучатся грамоте, потому что монастыри в то время были единственными хранителями образования. В донесении Св.Синоду архимандрит Порфирий объяснил цель открытия училища: «Желая доставить этим мирным и усердным трудникам в пользу св.обители прочное вознаграждение от обители преподобных на будущее время, я, испросив благословение преподобных Зосимы и Савватия, по согласию со старшею братиею, решился открыть 15-го декабря для них училище с целью знакомить одних с грамотностию, а других усовершить в оной, и во всех укоренять добрую нравственность и религиозность». Он утверждал, что образование «не есть дар божий», оно дается упорным трудом. Летом при монастыре проживало около 150 крестьянских детей, выполнявших самые малоквалифицированные работы. Часть этих детей и стала с 1859 года первыми учащимися. В 1860 году для училища было построено специальное здание.

Земские органы в Архангельской губернии практически не уделяли развитию народного образования никакого внимания, поэтому деятельность Монастырского училища на Соловках находилась в полном распоряжении монастырского руководства.

Обучение в училище было двухгодичное с программой двух классов приходской школы по арифметике и чистописанию, Закону Божьему, пению, иконописи; самые общие представления давались по истории и географии. Преподавание вели как богомольцы, так и монахи. Часть детей получала элементарные навыки чтения и счета, некоторые выучивались писать, приобретались умения и навыки в различных монастырских службах. Увозили с собой драгоценный опыт благочестия и разумного хозяйствования. Но основной конечный итог учения заключался в том, что преобладающая часть выпускников училища со временем становилась послушниками и монахами.

С закрытием монастыря, так называемое Монастырское училище для «безбрадых» трудников распалось.

Первыми новыми культурно-просветительскими учреждениями на Соловках стали клуб и школа. В июле 1920 года была открыта трудовая детская колония и при ней – школа грамоты. Школа размещалась в здании Петербургской гостиницы. Летом 1920 года был организован совхоз «Соловки», просуществовавший до 1924 года. 20 ноября 1920 года при совхозе была открыта школа I ступени. Первой учительницей была назначена Антонина Антоновна Радченко. В следующем, 1921 году, школа стала подведомственной Архангельскому губернскому отделу народного образования (Архгубоно). Директором был назначен П. М. Горлищев, специально переведенный для работы на Соловки из Часовенской школы Архангельской области.

Но это продолжалось недолго, так как в 1923 году официально был организован Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН). Для детей администрации лагеря в 1924 году была организована школа I ступени «Полярная звезда». В 1925 году школа ввиду отсутствия учеников закрылась, а в 1926 году открылась вновь. По воспоминаниям Каулин Нины Яновны, в 1926 – 1927 годах детей в школе было мало: несколько человек в 1 классе, один ребенок – во втором и два – в третьем классах. Школа занимала четыре комнаты. На содержание школы работники УСЛОН отчисляли по 3% от месячного оклада жалованья. Учителя были из заключенных: заведующий школой - Калинин П.С. и учительница Путилова Наталья Михайловна; в 1929 – 30 г.г. – учитель Черных; в 1932 – 33 г.г. – учитель Перепечай. В 1934 году в школе «Полярная звезда» уже обучалось 4 группы учеников.

В 1939 году лагерными заключёнными в южной части посёлка были построены здания школы и детского сада. Именно с этого момента берёт своё начало история современной Соловецкой школы.

В 1939 году закрыли СЛОН, и на Соловках разместился Учебный отряд Северного Флота. Для детей служащих этого отряда была создана школа и построено для нее здание, образование в котором продолжается и по сей день.

Сначала школа была 7-леткой. На заседании исполкома Архангельского областного Совета депутатов 3 ноября 1944 года было принято решение за N 342 об открытии 8 класса при Соловецкой школе. «Учитывая географические особенности Соловецких островов, исполком областного Совета депутатов трудящихся решил: 1. Разрешить Облоно на 1944 – 1945 учебный год открыть при Соловецкой школе 8 класс с контингентом учащихся 17 человек. Реорганизовать Соловецкую неполную среднюю школу в среднюю школу. 2. Утвердить дополнительную смету на Содержание Соловецкой школы до конца 1944 года в связи с реорганизацией ее в среднюю школу в сумме 7750 рублей за счет экономии по параграфу 4 областного бюджета». Однако, по всей видимости, данное решение не было претворено в жизнь или 8 класс просуществовал всего лишь один год. Доказательством этого может служить другой документ – распоряжение N 733-р от 26 августа 1954 года о преобразовании с 1 сентября 1954 года семилетней Соловецкой школы в среднюю с открытием 8 класса при ней. Именно с этого момента начинается собственно история Соловецкой средней школы. Позже школа стала 9-леткой, затем 10-леткой, а в настоящее время осуществляется одиннадцатилетнее образование, в которой за последние более чем 80 лет учатся в основном коренные соловчане.

Директорами в тот начальный период были: Козлова Анна Павловна (до 1947 г.), Першина Анна Семёновна (1948 – 51 гг.), Сабуров Р.И. (1951 – 52 гг.), Бархатов Павел (после 1952 г.). Директором школы до 1957 года была Чикишева Мария Ивановна.

В 1957 году на Соловки директором школы был направлен Павел Васильевич Витков, деятельность которого была многогранной и разносторонней. С этого момента школа начинает играть активную роль в сохранении соловецких памятников: впервые поднимается вопрос о создании на Соловках музея – заповедника. В 1959 году школе был передан ботанический сад в Макарьевской пустыни (Хутор-горка). За садом стали ухаживать соловецкие школьники во главе с учительницей биологии М.И.Андреевой. При школе был создан музей, коллекции которого позднее были переданы в фонды Соловецкого музея-заповедника. П.В.Витков работал в качестве директора Соловецкой средней школы по 1962 год, после чего был переведен с Соловков в Архангельск методистом в Институт усовершенствования учителей.

Время неумолимо движется вперёд. За 75 лет сменилось множество директоров и все они отдавали свои силы, ум, энергию и любовь своей родной школе.

Выпускники и коллеги вспоминают: 

Соловецкая школа имеет статус школы-сада. Двухэтажное здание, построенное в 1939 году, уже не вмещает вроде бы небольшое количество учеников. К сожалению, в школе не хватает кабинетов (их всего восемь), поэтому обучение проходит в две смены. Также в школе отсутствует спортзал.

Педагогический состав современной школы насчитывает 23 человека, и 6 воспитателей.

Количество учеников в школе менялось. В начале 50 – х гг. на острове училось около 400 ребят. В 1960 – 70 гг. число школьников уменьшилось до 300 – 200 человек. В 1980 – 90 – х гг. школу посещали от 150 до 200 детей. После вывода с Соловков военных подразделений численность учащихся значительно сократилась. На сегодняшний день в Соловецкой школе обучается 110 учеников, а детский сад посещает 43 воспитанника. Из них обучающихся: в начальных классах – 39 человек, в основной школе – 55 человек, в старших классах – 16 человек.